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总部位于美国的国际益生菌和益生元科学协会（ISAPP，International Scientific Association for Probiotics and Prebiotics）为非盈利组织，旨在提供益生菌和益生元相关的高质量和多学科的科学调查研究，同时促进益生菌和益生元的科学研究。其感兴趣的研究方向有：①对免疫学的影响：包括上调免疫功能抑制感染或抑制肿瘤，下调免疫功能预防过敏或炎症性肠病；②与癌症的关系：包括流行病学调查、动物和临床实验研究、作用机理以及基因毒性作用等；③益生菌和益生对胃肠道健康的改善：采用分子生物学技术了解益生菌和益生元对肠道微生物、生理和生化的影响；④作为功能性食品的健康作用；⑤对胃肠道疾病的影响：如急性胃肠炎（病毒、细菌），乳糖不耐症，腹泻，溃疡性结肠炎、克隆氏病，伪膜炎，肠易激综合症等；⑥新兴研究方向：如在创伤愈合、泌尿道感染、自闭症、疫苗载体、皮肤微生物等方面的应用等；⑦益生菌的遗传性能：通过基因组学、蛋白质组学和转录组学等技术了解益生菌的遗传性能，并进一步整合益生性状；⑧益生菌的微生物相关问题：如分类学、自身稳定性能、质量保证措施、有效剂量、食物载体（食品、膳食补充剂）和耐药性等；⑨益生菌的有效性：建立有效的实验动物模型，通过动物实验研究和临床研究，评价益生菌的有效性；⑩将来的需求：新型合生元产品的开发，增强结肠活性、具备多种生理功能产品的开发，低剂量形式、稳定应用、合理监控等技术开发等。
亚洲乳酸菌学会联盟于2000年成立，为非盈利组织，旨在为工业界和学术界提供交流平台，主要的学术活动是每2年召开1次亚洲乳酸菌会议，通过会议交流进一步提高乳酸菌研究水平。
