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益生元是益生菌的食物，可促进肠道内益生菌增殖。这包括低聚果糖、低聚木糖等，在蜂蜜、梨等中含量丰富。
益生菌是一类对宿主有益的活性微生物，而益生元则是指能促进益生菌生长繁殖的一类结构和性质不同的物质，它们不能被人体吸收，也不能直接对机体起作用，而是通过益生菌发挥生理功能。也就是说，益生元是益生菌的养料和温床。
益生元与益生菌都对促进肠道菌群平衡有积极的作用，但是作用的方式完全不同。通过摄入益生菌食品，有益菌到达人体内，和原来的有益菌一起发挥作用。而益生元到达肠道，则会积极促进原有的有益菌进一步发挥作用，产生更多的有益菌。
并且因为益生元不是生物，只是碳水化合物，所以不存在存活率的问题，只要摄入都可以起作用。所以，益生元在稳定性、有效性、安全性等方面，优于益生菌。
